MS-06S，作为专门配备给中队长以上指挥官及王牌驾驶员所使用的机体。是以MS-06F型为基础通过一系列的改进而产生的。改进方面方面，主要包括；提高了推进剂的燃烧效率，使机体的推力较普通的F型上升了30%；增大了燃料的装载量；改进制御系统的控制效率以及增加了用于战场指挥的通信系统等等。本型机至终战前总共生产了100架左右，在众多的使用06S型的ACE驾驶员中最为著名的当属有着“赤色彗星”之名，驾驶红色涂装MS-06S的夏亚-阿兹纳布。
机体番号：MS-06S
英文名称：ZakuⅡCommanderType
中文名称：萨克Ⅱ指挥官机
日文名称：ザクⅡ指揮官機
机体类型：泛用量产型MS
制造厂商：吉恩尼克公司
所属阵营：吉恩公国
初次配备：U.C.0079年
内部环境：位于躯干部分的标准式驾驶舱
标准重量：56.5吨
战斗全重：75.2吨
装甲材质：超高张力钢
全高：18M
头顶高：17.5M
反应炉功率：976KW
喷射器推进力：51600KG
180-姿势变换速度：1.7秒
加速度：0.69G
地面最高速度：85KM/H
传感器探测有效半径：3200米
固定武装：无
可选武装：MMP-78型120mm通用机枪，后备弹鼓-1
弹鼓供弹每鼓100发
MMP-80型90mm通用机枪，后备弹夹-2
弹匣供弹每匣32发
280mm通用火箭炮弹药筒供弹4发每筒
即弃式反MS用装甲拳
多弹头分体式手雷
热能斧
登场作品：机动战士高达0079